«Ермолинския Рощи» приглянулись царю Алексею Михайловичу, и он повелел устроить здесь для своей царской потехи зверинец. По преданию зверинец помещался вблизи того места, где теперь находится монастырь.

  
26 ноября 1658 года (7 декабря по новому стилю) государь с приближенными охотился около зверинца. «Закончив поле, – пишет Иван Шевелкин в своем очерке «Из воспоминаний странника», – царь не возвратился, как предполагалось, в Москву, а остался здесь на ночлег», для чего были раскинуты теплые шатры. «Ночью, когда тихий сон смежил усталые царские очи, вдруг показалось ему, что шатер его осветился необыкновенным сиянием, и перед ним предстала дева ангельской красоты, облаченная в белую, как снег, одежду». Царь узнал ее: это была святая великомученица Екатерина. Дева сказала: «Не ужасайся, царь. Я явилась, чтобы сказать тебе, что Господь в эту ночь разрешил от бремени супругу твою и даровал тебе дщерь на утешение».

  
Царь пробудился и, объятый одновременно ужасом и радостью, велел будить всех бояр и холопьев, и объявил своей свите о чудном видении. Несмотря на глубокую ночь, приказано было охотничьему стану сниматься с места. У села Коломенского встретился охотникам гонец, который летел им навстречу, чтобы сообщить государю радостную весть: царица родила дочь, и обе они, и «юная мать, и новорожденная находятся в вожделенном здравии». Царь, обливаясь слезами умиления, снял шапку и, осенив себя крестным знамением, воскликнул: «Чудны дела Твои, Господи!» И тогда же государь положил назвать свою дочь в честь явившейся ему святой великомученицы Екатерины. На месте чудесного видения повелел царь основать обитель.

По преданию, сначала была поставлена часовенка, а затем деревянная церковь. Однако уже в мае 1664 года царь Алексей Михайлович повелевает деревянные строения продать или разобрать на иные цели и возвести здесь каменные сооружения: одно – для церковного причта, другое – для содержания престарелых царских слуг. Строительство государь поручил приказчику из Москвы А.Мерчукову. Со всех сторон подвозили к пустыни необходимые материалы: из Москвы стрельцы везли кирпич; известь поставляли крестьяне села Колычева, стоявшего на реке Пахре в тринадцати километрах отсюда; камень, бут и сваи привозили ермолинские, Лопатинские и мячковские крестьяне. Через овраги и ручьи тянули дороги, возводили мосты. Палаты, кельи и «всякое каменное дело» с бригадой каменщиков и плотников строил в 1665—1666 годах Иван Кузьмин Кузнечик, знаменитый «каменных дел подмастерье», стрелец полку Артамона Матвеева.

Государь сам следил за устроением новой обители. К лету 1667 года начались работы по внутреннему благоустройству палат. Деньги на строительство и содержание пустыни, на церковную утварь и облачения священнослужителей государь жалует из «комнатных государевых денег». В дар церкви государь приносит икону святой великомученицы Екатерины, украшенную драгоценной ризою, прославившуюся как чудотворная. 

С 1674 года церковь с небольшим кладбищем, деревянными и двумя каменными строениями именуется уже пустынью «Екатерининския Рощи». Дворцовые книги 1674 года сообщают: «Ноября в 24 день праздновал Великий Государь ангелу Государыни Царевны и Великой Княжны Екатерины Алексеевны и жаловал бояр, окольничих, и думных дворян, и думных дьяков, и ближних людей, и стольников, и стряпчих... пирогами».

  
К 1679 году была выстроена новая каменная церковь «об одной главе», с двумя приделами: левым – во имя Преподобного Сергия Радонежского, и правым – в честь Святителя Николая. Правый придел церкви был теплый, имел «пещь изращатую». Храм и приделы покрыли тесом, а главу обили зеленой черепицей и увенчали прорезным золоченым крестом. На северной стороне каменная колокольня над Святыми вратами также была «об одной главе», «крыта тесом на обе стороны». На колокольню приобрели семь колоколов. Звон был, по свидетельству современников, «довольно благозвучный» и далеко распространялся по окрестностям.

В расходных книгах Оружейной палаты имеются сведения о выдаче денег иконописцам, которые выполнили для Екатерининской пустыни тридцать одну икону. Возможно, тогда же дочь Алексея Михайловича царевна Екатерина, чье рождение было возвещено на этом месте, принесла в дар храму икону старинного письма – чудотворный образ священномученика Антипы, имевший благодатную силу исцелять страждущих от зубной боли.

Новая церковь была освящена 11 октября 1679 года. В этот день государь Феодор Алексеевич «ходил из Москвы в село Коломенское, а из села Коломенского – в Екатерининскую Рощу ко освящению церкви... А за ним, Великим Государем, бояре и князья: Василий Васильев Голицын, Михаил Григорьев Ромадановский» – и другие приближенные царские слуги. 

По материалам книги «Свято-Екатерининский мужской монастырь»