Екатерининская пустынь была основана в 1658 году на месте явления святой великомученицы Екатерины царю Алексею Михайловичу. Первые строения монастыря были деревянными, но уже в мае 1664 года Алексей Михайлович распорядился возвести здесь каменные сооружения.